Теория многоуровневого управления возникла в начале 90-х годов двадцатого века как продукт изучения теории европейской интеграции. Ряд исследователей решили проанализировать новые реалии в интеграции Европейских Сообществ, возникшие после подписания в 1992 году Маастрихтского договора. Первыми, кто заговорил тогда о многоуровневом управлении, были  Лисбет Хуг и Гарри Маркс. Последний в своей работе «Structural policy and Multi-level governance in the EU» дал одно из первых определений понятия «многоуровневое управление». «Это система постоянных переговоров между связанными друг с другом правительствами на различных территориальных уровнях».